Klášter ve Vyšším Brodě byl založen Vokem z Rožmberka roku 1259. Vok dal povolat cisteriáky z rakouského Wilherigu a podle jeho vůle se toto místo stalo rodovým klášterem. Tento vyšebrodský chrám představuje největší české rodové mauzoleum s kontinuitou od 13. do 17. století- je zde pohřbeno 10 generací Rožmberků.
Díky pomoci zakladatele rodu si zde cisterciáci vybudovali poměrně velké panství. To naštěstí nebylo během husitských válek vážněji poškozeno, ačkoli bylo roku 1422 dobito. V 16. stol. se rozšířil protestantismus i mezi poddané na vyšebrodském klášterství. Proti němu násilně zakročil opat Kroll r. 1588.
V pol. 18. stol. byl opatem Quirin Mickl, který nechal postavit novou knihovnu, vybavil ji skříněmi a velkým množstvím titulů. Dnes knihovna obsahuje asi 70 000 svazků, 1 200 rukopisů a 400 prvotisků. V 19. stol. zažil klášter vědecký rozkvět, kdy zde vznikla řada teologických a historických prací od různých učenců. Za totality byl klášter zrušen a až r. 1990 se sem vrátil řádový život.
V současné době je možné klášter navštívit a prohlédnoout si, v době od 1.května do 30 září je otevřeno denně kromě pondělí- začátek první prohlídky je v 9.30 a poslední v 17.00, v neděli prohlídky začínají až ve 12.30. Mimo sezonu je možné si prohlídku objednat.
